目前，市场上出现的各种生物肥料，实际上是含有大量微生物的培养物。它们可以是粉剂或颗粒，也可以是液体状态。将它们施到土壤里，在适宜的条件下进一步生长、繁殖，一方面可以将土壤中某些难于被植物吸收的营养物质转换成易于吸收的形式，另一方面可以通过自身的一系列生命活动，分泌一些有利于植物生长的代谢产物，刺激植物生长。

土壤由矿物质、有机质和微生物三大部分组成，是农作物生长发育的基础。土壤中的有益微生物直接参与土壤中物质和能量的转化、腐殖质的形成和分解、养分的释放。氮素的固定等一系列土壤肥力形成和发育过程。采用人为方式向土壤中增加有益微生物数量，就能够增强土壤中微生物的活性，从而提高土壤的肥力。特别是农作物根际土壤微生态系的微生物活性对植物根部营养则更为重要，因此，在植物根际施用微生物肥料，就可以增加根际土壤中的有益菌的数量和活性，导致土壤肥力的增强。因为植物主要是通过根部系统来获取赖以生长发育的营养的，所以，微生物菌肥经常被用作底肥。