(1)黑斑病 病原菌是真菌中一种半知菌，发病初期叶尖变黄并向下蔓延，产生青、白不同颜色的水浸状病斑，后期叶片全部变黄枯死。
防治方法：①选用无病种苗，栽前用1：1：80倍波尔多液，或用65％代森锌可湿性粉剂500倍液浸种苗5min。②加强田间管理，及时排除积水。③大田发病期可割去病叶，喷1：1：100倍波尔多液，每隔10-14天一次，连续3-4次。 ④“新植保”杀菌剂“战菌”是专门防治真菌类病害的特效治疗剂，可在黑斑病发生前或初期，1500-2000倍液茎叶喷雾，，发病重时，1000-1500倍液喷雾，根部病害发生时以上浓度进行灌根，效果更佳！
(2)根结线虫病病 原是圆形动物门线虫纲的一种根结线虫。主要为害根部，造成瘿瘤，使结麦冬的须根缩短，到后期根表面变粗糙，开裂，呈红褐色。剖开膨大部分，可见大量乳白色发亮的球状物，即为其雌性成虫。
防治方法：①实行轮作，有条件的地方可水旱轮作，避免与烤烟、紫云英、豆角、芋头、红薯、瓜类、罗汉果、白术、丹参、颠茄等作物轮作，最好与禾本科作物轮作。②选用无病种苗，剪净老根。③选用抗病品种；如大叶麦冬、沿阶草、四川遂宁麦冬。④土壤处理，可以防治。 ⑤药剂防治：根结线虫专用药剂“净线”可喷雾或灌根使用，净线是目前唯一能真正茎叶喷雾杀线虫的产品，每亩用产品80-100毫升兑水45公斤均匀喷雾；当发病重时采用灌根，每瓶100毫升兑水200-250公斤对准根部进行浇灌，用水量能渗透到地下15-20公分为宜。
(3)蛴螬、蝼蛄、金针虫、地老虎等，可使用新型药剂“地虫净”，喷灌使用每330平方米使用1000克，撒施每亩2000-3000克，均匀撒施或者开沟撒施于根部15-20厘米的范围内，浇水覆土。
